自然科学部門では、全国の高校生が身近な自然現象や環境問題、地域特有の災害や生物の研究などといった様々な研究テーマに取り組んだ成果を口頭またはポスターで発表します。発表終了後の質疑応答の時間では、研究テーマに関する高度なやりとりが行われます。このほか、県内各地の様々な施設や自然を巡る巡検研修、大学の先生による記念講演、石川県の高校生からなる生徒実行委員が企画する生徒交流会など、様々な行事を通して自然科学に対する興味・関心を高め、全国から集まった科学好きの高校生が交流を深めます。